北京大学基础医学院免疫学系（原北京医科大学免疫学教研室）成立于1986年，著名免疫学家龙振洲教授担任第一届学系主任，在历经了数十年的扩大和发展后，免疫学系已经成长为一支具备丰富教学经验、优良科研传统和较高科研水平的优秀团队。

免疫学系在我国免疫学教学与科研领域作出了很多开创性的贡献：设立国内第一个免疫学科并于1987年获得博士学位授予权；诞生了我国免疫学领域的第一位中国科学院院士，陈慰峰院士；由龙振洲教授、陈慰峰院士分别主持编写了第二、三、四版人民卫生出版社出版的全国规划教材《医学免疫学》；由龙振洲教授、白慧卿教授主持承办的教育部医学免疫学助教进修班为国家培养了一大批免疫学青年骨干教师；本单位开设的《医学免疫学》等课程先后获评国家级精品/精品资源共享课程、国家级双语教学示范课程、国家级一流本科线上课程等示范课程。1995年10月，国家卫生健康委员会（原卫生部）批准，成立了医学免疫学重点实验室；2023年5月，中华人民共和国教育部批准，成立了免疫相关重大疾病医药基础研究创新中心。新时期的基地建设工作强化了北大医学的基础科技支撑体系，提升了临床需求导向的基础与临床交叉研究及转化的创新能力，为实现健康中国战略目标贡献能量。

北京大学基础医学院免疫学系现任主任姜长涛教授，现有固定人员29人，其中教授9人，研究员3人，副教授7人，副研究员1人，教辅人员9人。人才队伍中包括教育部长江学者特聘教授1人；国家杰出青年基金获得者2人；新世纪优秀人才4人；国家优秀青年科学基金获得者1 人；中组部千人计划青年项目1人；北京市杰出青年基金获得者1人；北京市科技新星2人；北京市教学名师1人；北京市青年教学名师2人。

免疫学系坚持党中央“面向世界科技前沿、面向经济主战场、面向国家重大需求、面向人民生命健康”的目标方向，坚持原始创新，勇攀科技高峰，在历史传承基础上合理布局学科发展方向，体现学科特色与优势。目前形成了包括非B细胞产生Ig结构及功能、免疫功能基因组、免疫细胞发育与分化、肠道菌群与固有免疫等研究方向，致力于在医学免疫学领域开展高水平的基础和应用基础研究。近些年相关成果发表于 Cell  、  Nature  、  Science  、  Immunity  、  Nature Metabolism  、  Cell Host Microbe  、  Nature Chemical Biology  、  PNAS 等权威期刊。